畜禽養殖廢棄物是富含有機質及植物營養元素的寶貴資源，通過好氧堆肥技術，實現畜禽廢棄物的減量化、無害化和資源化利用，既可減少廢棄物對環境的污染，又能變廢為寶，生產優質有機肥，用于改良土壤，提高化肥利用率，減少化肥施用量。

畜禽糞便主要的處理方法有物理法、化學法和生物法。物理法是指通過物理方法（如風干、微波等），將動物糞便轉變為有機肥料的過程。物理法在處理過程中易產生大量臭氣，造成二次污染，且處理過程中沒有經過腐熟，作為肥料，影響肥效，易造成燒苗；此外，物理方法處理的投資成本高，需要配備專業技術人員進行管理，導致該方法的應用受到限制。化學法是指在一定的溫度、壓力和光波等外界條件下，畜禽糞便等有機廢棄物在水解劑、催化劑、氧化劑等化學作用下，降解為小分子糖類、有機酸類、氨基酸及肽類等有機肥料的過程。化學法亦存在二次污染問題，且該方法主要用于吸附畜禽糞便中的養分，易造成畜禽糞便的腐熟不完全，不利于其后續應用，目前應用并不廣泛。生物發酵法是指在一定的水分、碳氮比和通風等條件下，通過微生物的發酵作用，將動物糞便轉變為有機肥料的過程。生物法在畜禽糞便處理中具有處理效果好、腐熟度高、無害化和運行成本低等優點，是目前畜禽糞便處理應用最廣泛且有效的技術。生物處理方法分為厭氧發酵和好氧發酵，其中最常用的是好氧發酵堆肥技術。

目前常用的堆肥系統有很多種，根據有無發酵裝置，好氧發酵堆肥可分為：開放式堆肥系統和反應器堆肥系統。開放式堆肥系統包括條垛式堆肥、靜態堆肥、槽氏翻拋堆肥工藝。反應器堆肥是一種密閉式堆肥工藝，通常指在轉鼓、筒倉、箱子、隧道或反應器等容器內，通過人工控制水分、C/N比（編輯注：即碳氮比。指有機物中碳的總含量與氮的總含量的比值。適當的碳氮比例,有助于微生物發酵分解。）和通風等條件，利用微生物的發酵作用，將有機廢棄物轉變為堆肥產品的過程。高溫好氧罐式發酵是目前應用較為廣泛的一種密閉筒倉式堆肥工藝。